A vizes élőhelyek tájökológiai jelentőségének oka, hogy a szárazföldi és a vízi ökoszisztémákkal szemben:

• produktivitásuk általában magas,
• jellegzetes makrovegetációval borítottak,
• szerves anyagban gazdag talajokkal, vagy üledékkel rendelkeznek,
• sajátságos helyük van a biogeokémiai ciklusban, mivel a tápanyagok fontos csapdáinak és számottevő forrásainak is tekinthetők.

A vizes élőhelyek jellemzője az erősen mozaikos szerkezet, amely különböző típusú ökológiai foltok (élőhely-típusok) egysége. A foltokat ma a vizes élőhelyek társulásainak maradványai (fragmentumai) építik fel. Az ártéri táj mozaikos szerkezetének kialakulásában és fenntartásában kiemelt szerepe van a víznek, illetve a vízdinamikának (Szabó 2005).

A mozaik együttesekben nagy jelentősége van az ökotonoknak, ahol a fajsűrűség kiemelkedően nagy. Természetvédelmi és ökológiai szempontból az ilyen helyek gyakran kitüntetettek, mivel számos ritka maradványfaj él itt, illetve innen történhet a fajok elterjedése (inváziója). Nagy valószínűséggel az ökotonok léte volt az ősi árterek legjellemzőbb vonása. A két méternél nagyobb átlagmélységű víztereknél a vizes élőhelyek tipikusan ökoton jellegűek (Dévai et al. 2001).

A vizes élőhelyek mozaikos tájmintázata térben és időben gyorsan átrendeződhet. A változatos folttípusokat és szukcessziós állapotokat létrehozó természetes zavarások fontos szerepet játszanak a táji diverzitás fenntartásában.

A vizes élőhelyeken bekövetkező változásokban a kulcsszerepet a táj természetes vízforgalmának átalakulása játssza, mely számos közvetlen és közvetett hatáson keresztül érvényesülve módosítja más tájalkotó tényezők tulajdonságait (Rakonczai 2006). Az éghajlatváltozás a vízforgalomban rövid (aszály, belvizek, folyók vízjárásának módosulása) és hosszú távú (talajvízszint-csökkenés) változásokat indít el, melyek hatással vannak a vízminőségre (eutrofizáció), a talajtulajdonságokra (sziktelenedés, kilugozódás, nitrofilizáció) és ezeken keresztül az élővilágra.