A biológia sokféleség az életformák különböző szintjeinek variációja, a génállománytól, az élő szervezeteken át a populációkig bezárólag. Annál egészségesebb egy ökoszisztéma, minél nagyobb ez a biodiverzitás. Az emberiség, történelme folyamán egyre nagyobb intenzitással avatkozott be e sokszínű természeti környezetbe. A mezőgazdasági kultúrák elterjedésével és az antropogén hatások megjelenésével párhuzamosan szűkültek be az élőhelyek és romlott meg a talajok, illetve vizeink állapota. A környezet-gazdasági környezet-épített környezet-társadalmi környezet egymással szoros ok-okozati láncolatot alkot, és az ökológiától a kultúráig ível (Ángyán et al. 2003). A társadalmi és biológiai életteret biztosító környezetébe az ember folyamatosan beavatkozik. 

3.4.1 ábra. Fenntartható fejlődés háromszektoros modellje (Giddings et al. 2002)

Az EU területének közel 50%-a mezőgazdasági terület (szántók és gyepek). A mezőgazdaság és a természeti környezet harmonikus viszonyát kialakítani szándékozó termelő tevékenységet nevezzük fenntartható mezőgazdaságnak. Ennek lényege, hogy a gazdálkodási tevékenység során a természeti erőforrások csak olyan mértékben kerüljenek kiaknázásra, hogy az a jövő társadalmainak is rendelkezésére álljon.

3.4.2 ábra. Magas Természeti Értékű (MTÉ) mezőgazdasági és hegyvidéki területek 1.

A nagyüzemi gazdaságok sokkal egysíkúbak, mint az ökoszisztémák. Az alacsony ráfordítású, külterjes gazdálkodási formák viszont már megközelíthetik egy természetes ökoszisztéma faji sokféleségét. Egy legelőgazdálkodással fenntartott gyep fajgazdagsága alig kevesebb, mint az eredeti vegetációnak. Ezzel szemben egy korábbi erdőterület feltörésével kialakított nagytáblás kukorica monokultúra fajszáma elenyésző az eredeti társulásokhoz képest.

3.4.3 ábra. Magas Természeti Értékű (MTÉ) mezőgazdasági és hegyvidéki területek 2. ( Vandermeer and Perfecto, 1995)

A természetvédelmi szempontokat is figyelembe vevő mezőgazdasági tevékenységek optimálisformája a táj eltartó képességét figyelembe vevő tájgazdálkodás, illetve az ökológiai szolgáltatások szemléletén nyugvó területhasználat.

A mezőgazdaság tehát nem kizárólag élelmiszerellátás, hanem élőhely-védelem, rekreációs funkció, víz- és légkörvédelem is. Ebben a szemléletben fogantak az EU-s agrár-környezetvédelemi ágazatfejlesztési iránymutatások is (pl. új KAP, Élőhely Direktíva, Nitrát Direktíva, Víz Keretirányelv), amelyek közös célkitűzése a gazdák környezetkímélő földhasználat kialakítására való ösztönzés, mint például az erdők, vizes élőhelyek és közösségi helyek kialakítása. A közösségi ágazatpolitikában egyre nagyobb hangsúlyt kap az agrár- és a vidékfejlesztés ökológiai pillére, amelyben az alternatív gazdálkodások, a vadonélő állatok védelme, a vízbázis-védelem, árvízvédelem, széntározók kialakítása és rekreációs célok kapják a nagyobb szerepet.

A magas energiaár extenzív gazdálkodásra ösztönöz, alacsonyabb terméshozammal és nagyobb területigénnyel. A gépesített organikus termelés (kevesebb kemikália használata) szintén kisebb hozammal jár, ugyanakkor energiahatékonyabb. Az energiaárak növekedése összességében energiatakarékos technológiaváltásra sarkal (pl. hulladékból energia önellátás).