A modern földművelési módszerek növelik az agrár-ökoszisztémák zavarásra való érzékenységét. Így a korszerű gépek használata szántóföldi művelésben - pl. a kukorica és cukorrépa termesztésnél - aránytalanul nagymértékű talajeróziót vált ki. A nehéz gépek az agyagosabb talajoknál talajtömörödést okoznak. A túlzott N-trágyázás túlzott bokrosodást eredményez (ez vonzza a levéltetveket). Ezeket a zavarásokat az agrár-ökoszisztémában a saját rendszeren belüli szabályozás nem tudja leküzdeni.

Az egyes ökoszisztémákban a mezőgazdasági művelés számos mellék- és utóhatása érvényesül, amely terhelést, illetve zavarást jelent. A zavaró utó- és mellékhatások valódi károsultjai az agrártájban a természet közeli, ill. féltermészetes ökoszisztémák, valamint a biotópok maradványai. Ezek területükhöz képest hosszú érintkezési peremsávban sok anyagot kapnak, melyek a létezésüket veszélyeztetik.

Az emberi használat hatására összességében legyengül az ökoszisztéma működése, azaz megváltozik az anyag-körforgalom az élőhelyek kölcsönhatásában (pl. a populáció szintjén), de az élőlények és az élőhely közötti kölcsönhatásokat illetően is. A gyengülés oka elsősorban az anyagkivétel és leadás, valamint a fajszámcsökkenés. Egy haszon-ökoszisztémából való biomassza kivétel, azaz terméselszállítás, egy másik ökoszisztémában történő újra-felhasználás céljából történik.