A 3.13 fejezetben láttuk, hogy a tájfenntartó, extenzív gazdálkodási módok közül a hal-, nád- és ártéri gazdálkodási rendszerek a vízhatás alatt álló természeti tájakhoz köthető művelési formák. Ilyen vizes területek a vízfolyásokhoz köthető térszínek (hullámtér, ártér), rendszeresen és tartósan belvizes területek, természetes, illetve mesterséges tavak, mocsaras, lápos, ingoványos térségek, valamint a mesterséges csatornarendszereink. 

3.15.1 ábra. Vizes élőhely

Hazánk területének mintegy 7%-a (650.000 ha) valamilyen vízhatással dominált tájtípusba tartozik. E területek ugyanakkor jelentős és ritka növény-, illetve állatfajok élőhelyeiként is szolgálnak. A tájgazdálkodásnak ezért kiemelt célja ezeknek az ökológiailag értékes tájaknak a fenntartható módon történő kezelése.

3.15.2 ábra. Víz borította területek ármentesítés nélkül

A vizes élőhelyek sorozata az ökológiai (zöld-) folyosó rendszer jellegzetes, meghatározó részét képezi. A lápok, láprétek vagy a mocsarak, mocsárrétek, mint a vízi és szárazföldi tartomány közötti, átmeneti élőhelyek roppant érzékenyek és nemzetközi összevetésben is kiemelkedően értékesek. Állapotuk kedvezőtlenül változott. A lápok, mocsarak, állandó- és időszakos vízborítású vizes-nedves élőhelyeink a szárazodás, az eutrofizáció és a korábban kizárólag műszakilag tervezett beavatkozások (lecsapolások, foglalások, a talajvízszintet radikálisan megváltoztató tározóépítések, természetes partszakaszok betonágyba terelése, morotvák lefűzése stb.) együtthatásaként ma különösen veszélyeztetettek (96/2009 OGY Hat. 2. sz. melléklete).

• a nemzetközi jelentőségű vizes élőhelyek teljes vagy részleges elvesztésének megelőzése, és a jelenlegi kiterjedés fenntartása;
• a vizes élőhelyek leromlásának megállítása és a védendő fajok számára fontos élőhelyi sajátságok, jellemzők fenntartás, illetve növelése;
• az élőhelyek minőségi javítása és helyreállítása.

Mindezek mellett konkrét ökológiai célok is megfogalmazódnak. A madárvédelmi irányelvek értelmében meg kell őrizni az élőhelyi sajátosságokat, a jellemzők megőrzése mellett pedig azokat növelni is szükséges. Ennek érdekében:

• A vonuló fajok számára fenn kell tartani a pihenő és költőhelyek összefüggő hálózatát.
• Gondoskodni kell a talajvíz és a felszíni vizek megfelelő szinten tartásáról, illetve helyre kell állítani a lehetséges szinten.
• Fenn kell tartani a természetes hidrodinamikai folyamatokat, illetve, ahol kivitelezhető,helyre kell állítani azokat.
• A vizes területek további fontos jellemzőit (pl. víztisztaság, áramlási sebesség, hőmérséklet) a természetes állapotokhoz közeli szinten és a természetszerű változásokat figyelembe véve kell kezelni. A vízszintet és a vízáramlást úgy kell szabályozni, hogy az a fészkelést, a táplálékforrásokat és a táplálkozási lehetőségeket se veszélyeztesse a természetesnél nagyobb mértékben.
• Az emberi tevékenység okozta eutrofizációt meg kell előzni, illetve, ahol lehetséges, vissza kell fordítani a folyamatot.
• Az emberi tevékenység okozta zavarásokat (pl. vadászat, halászat és szabadidős tevékenységek) meg kell előzni a fészkelési területek környékén, és az elfogadható szintre kell csökkenteni - a faj igényei és az adott hely adottságainak megfelelően.

Magyarországon a leggyakoribb tájhasználati konfliktus a természetvédelmileg értékes vizes élőhelyeken kialakuló szántóhasznosításból adódik. Kimutatható, hogy a vizes élőhelyek pusztulását elsősorban a területek feltörése és beszántása okozza, így a hidromorf talajú termőhelyek jelentősen módosulnak a történeti tájhasználatoktól. Emellett szűkülhet a fenntarthatóbb gyepgazdálkodás lehetősége, továbbá e területeken gyakoribb belvizes elöntések eleve korlátozzák a szántóhasználat ökonómiai hasznát (Dóka 2006).